Okrem inhibície rastu a rozmnožovania mikroorganizmov má vákuová deoxygenácia ďalšiu dôležitú funkciu na zabránenie oxidácii potravín. Keďže mastné potraviny obsahujú veľa nenasýtených mastných kyselín, pôsobením kyslíka dochádza k ich oxidácii, čím jedlo chutí a kazí sa. Okrem toho oxidácia spôsobuje aj stratu vitamínu A a vitamínu C a nestabilné látky v potravinárskom farbive sú ovplyvnené kyslíkom, aby stmavli farbu. Deoxygenácia teda dokáže účinne zabrániť znehodnoteniu potravín a zachovať ich farbu, vôňu, chuť a nutričnú hodnotu.
